MIMIC-III数据库使用指南(一)

Overview of MIMIC-III

MIMIC III[1]是一个可以免费访问的重症护理数据库。由MIT Lab for Computational Physiology开发的一个公开可用的数据集，包含约60000例重症监护病房入院病人相关的确定的健康数据，包括人口统计、生命体征、实验室检测、药物治疗等等。

MIMIC-III 数据库下载

1. 在申请使用MIMIC数据库之前，需要完成一个小测试（Data or Specimens Only Research）
   • 首先在CITI program网站上注册，选择“Massachusetts Institute of Technology Affiliates”作为您的affiliation（不是“independent learner”）
   • 单击链接以添加“Massachusetts Institute of Technology Affiliates course”。在“ Human Subjects training category”培训类别中，选择“Data or Specimens Only Research”课程
   • 完成课程并保存完成报告的副本。完成报告列出了所有已完成的模块，以及日期和分数。
2. 访问MIMIC-III
   • 在Physionet上注册账号并登录：https://physionet.org
   • 前往项目链接：https://physionet.org/content/mimiciii/
   • 在项目说明中找到“Files”部分
   • 单击“credentialed user”链接，然后按照说明提交您的应用程序以进行凭据访问。请记住提供您的CITI完成报告（即1中最后一点的报告）
   • 批准后，您将收到一封电子邮件，其中包含有关从PhysioNetWorks下载数据库的说明。批准可能需要几个工作日，如果您的要求缺少任何必填信息，批准将被延迟。（一定要保证提交信息的完整性、准确性）
   • 如果是学生或者博后，需要在“reference”中填上你*导师的姓名和联系方式。如果列出的信息没有在组织网站的目录或其他易于查找的页面中，请提供主管或同事等推荐人的姓名和联系信息。不要列出自己作为参考。
   • *确保从CITI“仅数据或标本研究”培训计划中上传完成报告（PDF或图像文件）。完成报告列出了所有已完成的模块，以及日期和分数。如果您想提交多页，请将它们合并为一个pdf文件。
3. 下载MIMIC-III
   • 再取得资格后进行下载，下载链接：https://physionet.org/content/mimiciii/
   • 文件较大(50G+)，建议存储在有较大空间的硬盘中，推荐存储在SSD等写入和读取较快的硬盘中，方便之后使用。
4. MIMIC-III demo
   • 由于数据库本体过大，官方还提供了demo方便使用者熟悉操作，编写demo代码。下载链接：https://physionet.org/content/mimiciii-demo/

     MIMIC-III 导入 PostgreSQL

5. PostgreSQL下载
   • PostgreSQL是世界知名的开源数据库软件。下载链接（包含Linux/MacOS/Windows）：https://www.postgresql.org/download/
6. PostgreSQL安装与简单操作
7. 导入MIMIC-III
8. 简单使用

   MIMIC-III 重要的表

• MIMIC官网关于表的简述
• 中文翻译版

  MIMIC-III 查询实例

• select

  查询ADMISSIONS表中的所有列
  select * from admissions;
  DISTINCT函数 
  select distinct(gender) from patients;
  COUNT函数 
  select gender,count(gender) as gender_count from patients group by gender;

• link

  INNER JOIN内连接
  select pa.subject_id, pa.gender, pre.drug from patients pa inner join prescriptions pre on pa.subject_id=pre.subject_id
  group by pa.subject_id, pa.gender, pre.drug
  order by pa.subject_id asc;
  LEFT JOIN外连接(LEFT JOIN 关键字会从左表 (table_name1) 那里返回所有的行，即使在右表 (table_name2) 中没有匹配的行。)
  select pa.subject_id, pa.gender, pre.drug from patients pa left join prescriptions pre on pa.subject_id=pre.subject_id
  group by pa.subject_id, pa.gender, pre.drug
  order by pa.subject_id asc;

  其它

[1] MIMIC-III, a freely accessible critical care database. Johnson AEW, Pollard TJ, Shen L, Lehman L, Feng M, Ghassemi M, Moody B, Szolovits P, Celi LA, and Mark RG. Scientific Data (2016). DOI: 10.1038/sdata.2016.35. Available at: http://www.nature.com/articles/sdata201635


Deadline: 2021.3.15